A classificação funcional-programática representou um grande avanço na técnica de apresentação orçamentária. A partir do orçamento do ano 2000, diversas modificações foram introduzidas nesta classificação. O objetivo principal dessas mudanças foi
- A. distinguir o Planejamento (Plano Plurianual - PPA) do Orçamento, por intermédio da definição de novas Funções para as ações de governo, avaliadas pelo Ministério Público.
- B. articular o Planejamento (Plano Plurianual - PPA) e o Orçamento, por intermédio da criação de Programas para todas as ações de governo, com um gerente responsável por metas.
- C. transformar o Orçamento (LDO e LOA) em elemento subsidiário para o Planejamento (Plano Plurianual - PPA), por meio da definição de novas Funções para as ações de governo e com a criação de um órgão responsável por avaliação de resultados.
- D. fundir o Planejamento (Plano Plurianual - PPA) e o Orçamento, por meio de novos critérios de classificação funcional-programática, ficando a Comissão Mista do Orçamento responsável pela avaliação dos resultados.
- E. centralizar o Planejamento ( Plano Plurianual - PPA) e o Orçamento no Ministério do Planejamento, Orçamento e Gestão, por meio da elaboração de planos quadrienais, controlados por órgãos setoriais de planejamento.